Global and local graphing of the te

Global and local graphing of the test results is a necessary step for interpreting genome-wide association studies. A widely used graphical viewing method is the Manhattan plot, which helps to quickly identify genome locations in a chromosome [23]. There-fore, a genome-wide transcriptional profiling analysis and Manhattan plotting were used to examine the mechanism of irritation of RA and HQ, which suggested that chromosome 1q21 was one of the loci associated with DEGs (Fig. 1). The expression pattern of DEG cluster in chromosome 1q21 in response to RA treatment was generally inverse to that by HQ and SLS (Fig. 1). In addition, the validation to evaluate expression of genes encoding structural proteins in chromosome 1q21 using subcytotoxic doses of RA, HQ, and SLS control, which were used for microarray analysis to minimize changes in gene expression due to cell death [24], identified the transcriptional profile results (Fig. 2 and Table S1A and B). Loricrin expression, although reportedly too low to be detectable in monolayered cultures [25], was examined at the mRNA level. RA decreased Loricrin mRNA, while HQ or SLS treatment caused an increase (Fig. 2). In chromosomal region 1q21, there is a cluster of genes encoding the cornified envelope precursors, such as loricrin, involucrin and small proline-rich proteins (SPRRs); intermediate filament-associated proteins, such as profilaggrin and trichohyalin; and several S100A calcium-binding proteins [18–21]. The cornified envelope con- stitutes the principal barrier to percutaneous penetration of exogenous substances. Therefore, these results suggested that effect of RA on the modulation of structural genes of the physiological skin barrier may be different from that of HQ or SLS (Fig. 2). Irritant potential in vitro is correlated with reduced cell viability and increased cytotoxicity. Because concentrations that inhibit cell viability by 50% have been used as threshold concentrations of irritation on human skin [14], subcytotoxic doses may not be sufficient to identify the irritation mechanism. Concentration-dependent effects on cornified envelope-associated proteins expression, including TG-1 showed that RA reduced the expression levels of filaggrin, SPRR1A/1B, and TG-1 at the concentrations producing

النتائج (العربية) 1:

العالمي والمحلي برسوم بيانية لنتائج الاختبار خطوة ضرورية لتفسير الدراسات الرابطة على نطاق الجينوم. طريقة عرض رسومية مستخدمة على نطاق واسع هو مؤامرة مانهاتن، مما يساعد على التعرف بسرعة على مواقع الجينوم في كروموسوم [23]. هناك-مكان الصدارة، تحليل التنميط النسخي على نطاق الجينوم والتآمر مانهاتن استخدمت لفحص الآلية التي تهيج را والمقر الرئيسي، مما يوحي بأن 1q21 كروموسوم كان واحداً من المكاني المرتبط مع ديجس (الشكل 1). وكان نمط التعبير DEG الكتلة في كروموسوم 1q21 في الاستجابة للعلاج را عموما معكوس لأن المقر الرئيسي وسلس (الشكل 1). وباﻹضافة إلى ذلك، التحقق من الصحة تقييم التعبير للجينات ترميز البروتينات الهيكلية في كروموسوم 1q21 استخدام جرعات سوبسيتوتوكسيك لمراقبة را والمقر الرئيسي، وسلس، التي استخدمت لتحليل ميكرواري لتقليل التغيرات في التعبير الجيني بسبب موت الخلايا [24]، حددت النتائج الشخصية النسخي (الشكل 2 والجدول S1A وب). لوريكرين التعبير، على الرغم من أن يقال أن جداً منخفض لتكون قابلة للكشف في الثقافات مونولاييريد [25]، وقد درست على مستوى مرناً. انخفض RA لوريكرين مرناً، بينما العلاج HQ أو سلس بسبب زيادة (الشكل 2). في المنطقة الصبغية 1q21، هناك مجموعة من الجينات ترميز السلائف المغلف كورنيفيد، مثل لوريكرين، إينفولوكرين والبروتينات الغنية برولين الصغيرة (سبرس)؛ البروتينات المرتبطة بخيوط الوسيطة، مثل بروفيلاجرين وتريتشوهيالين؛ والبروتينات الكالسيوم الملزمة S100A عدة [18-21]. المغلف كورنيفيد con-ستيتوتيس الحاجز الرئيسي للاختراق عن طريق الجلد من المواد الخارجية المنشأ. ولذلك، اقترح هذه النتائج أن أثر را على تحوير الجينات الهيكلية لحاجز الجلد الفسيولوجية قد تكون مختلفة من أن من المقر الرئيسي أو سلس (الشكل 2). ويرتبط مهيجة احتمال في المختبر مع استمرارية انخفاض الخلية وزيادة سيتوتوكسيسيتي. لأن التركيزات التي تحول دون بقاء الخلية بنسبة 50% وقد استخدمت كعتبة التركيزات من تهيج في جلد الإنسان [14]، قد لا يكفي تحديد إليه تهيج جرعات سوبسيتوتوكسيك. الآثار تعتمد على التركيز على تعبير البروتينات المرتبطة المغلف كورنيفيد، بما في ذلك تيراغرام-1 أظهرت أن را انخفاض مستويات التعبير filaggrin و SPRR1A/1B تيراغرام-1 في تركيزات المنتجة < 50% خلية البقاء على قيد الحياة، فضلا عن تلك التي تنتج 80% بقاء الخلية (الشكل 3A). من ناحية أخرى، لم تخفض HQ وسلس التعبير من هذه الجينات في تركيزات المنتجة لبقاء الخلية 50%. النقصان في التعبير عن هذه الجينات لم تدرس حتى في أن تركيز الناجمين عن 20% أو 30% من بقاء الخلية (الشكل 3 وج). وكانت النتائج من الدراسات في المختبر مع جمهورية أرمينيا ومقر أيضا مماثلة للنتائج من الدراسات المجراة. وتناظر التركيزات التي أنتجت الحمامي معتدل وحمامي أكيدة وحمامي حاد مع تآكل المحورية المجراة في تركيزات تنتج 70 – 80%، 50%، وبقاء الخلية 20 – 30% في المختبر (3A جبلين وب، 4 أ وب). تركيزات مختلفة من المواد الكيميائية يمكن أن تحفز رد فعل مهيجة بدرجات متفاوتة. الآثار الضارة، بما في ذلك تهيج من المواد الكيميائية تظهر علاقة جرعة – استجابة [11 – 13]. ومع ذلك، تغييرات مماثلة في تعبير البروتينات المرتبطة بتغليف كورنيفيد بنفس المادة الكيميائية حتى في تركيزات مختلفة واقترح أن ميكا نيسم تهيج بالمقر الرئيسي وسلس يمكن أن تختلف عن التي بها رع. هي توسط آثار را النووية RA مستقبلات (RARs) ومستقبلات ريتينويد X (ركسرس). كما لوحظ في لدينا البيانات ميكرواري التي أظهرت زيادة أكثر من إضعاف من RAR إلى، زاد التعبير من RAR إلى تركيز [دبندنتلي] فقط RA المعالجة في المختبر والمجراه في (التين. S1A وب، على التوالي)، مما يشير إلى دور محتمل من رر في تهيج الجلد التي يسببها RA

النتائج (العربية) 2:

الرسوم البيانية العالمي والمحلي من نتائج الاختبار هو خطوة ضرورية لتفسير الدراسات جمعية على مستوى الجينوم. وهناك طريقة العرض الرسومية المستخدمة على نطاق واسع هو مؤامرة مانهاتن، مما يساعد على التعرف بسرعة مواقع الجينوم في كروموسوم [23]. استخدمت هناك الصدارة، تحليلا النسخي على نطاق الجينوم ومانهاتن التآمر لدراسة آلية تهيج RA وHQ، الذي اقترح أن كروموسوم 1q21 كان واحدا من مواضع المرتبطة ديجس (الشكل 1). وكان نمط التعبير عن مجموعة DEG في كروموسوم 1q21 في الاستجابة للعلاج RA عموما معكوس لأنه من خلال HQ وSLS (الشكل 1). وبالإضافة إلى ذلك، والتحقق من صحة لتقييم التعبير عن الجينات ترميز البروتينات الهيكلية في كروموسوم 1q21 باستخدام جرعات subcytotoxic من RA، HQ، والسيطرة SLS، والتي كانت تستخدم لتحليل ميكروأري للحد من التغيرات في التعبير الجيني نظرا لخلية الموت [24]، حدد النتائج النسخي (الشكل 2 والجدول S1A وباء). Loricrin التعبير، على الرغم من تردد منخفض جدا أن تكون قابلة للكشف في الثقافات monolayered [25]، تم فحص على مستوى مرنا. انخفضت RA Loricrin مرنا، في حين تسبب HQ أو المعاملة SLS زيادة (الشكل 2). في المنطقة الكروموسومات 1q21، هناك مجموعة من الجينات التي تشفر السلائف المغلف متقرن، مثل loricrin، involucrin والبروتينات البرولين الغنية الصغيرة (SPRRs)؛ البروتينات المرتبطة خيوط وسيطة، مثل profilaggrin وهيالين شعري. والعديد من البروتينات ملزم الكالسيوم S100A [18-21]. المغلف يخدع متقرن stitutes الحاجز الرئيسي للاختراق عن طريق الجلد من المواد الخارجية. لذلك، اقترحت هذه النتائج أن تأثير RA على تعديل الجينات الهيكلية للحاجز الجلد الفسيولوجية قد تكون مختلفة عن تلك التي HQ أو SLS (الشكل 2). ويرتبط احتمال مهيجة في المختبر مع انخفاض بقاء الخلية وزيادة السمية الخلوية. لأن تركيزات التي تحول دون بقاء الخلية بنسبة 50٪ وقد استخدمت كما تركيزات عتبة تهيج في الجلد البشري [14]، قد لا تكون جرعات subcytotoxic كافية لتحديد آلية تهيج. وأظهرت الآثار التي تعتمد على التركيز على متقرن المرتبط المغلف البروتينات التعبير، بما في ذلك TG-1 أن RA خفض مستويات التعبير عن filaggrin، SPRR1A / 1B، وTG-1 في تركيزات إنتاج <50٪ بقاء الخلية، وكذلك تلك التي تنتج 80 ٪ بقاء الخلية (الشكل 3A). من ناحية أخرى، لم HQ وSLS لا يقلل التعبير عن هذه الجينات في تركيزات إنتاج بقاء الخلية 50٪. لم تنظر انخفاض في التعبير عن هذه الجينات حتى في التركيز المستحث 20٪ أو 30٪ من بقاء الخلية (الشكل 3B وC). وكانت النتائج من الدراسات في المختبر مع RA وHQ مماثلة لنتائج الدراسات المجراة أيضا. التركيزات التي أنتجت حمامي خفيف، احمرار واضح وحمامي شديد مع تآكل التنسيق في الجسم الحي يتفق مع تركيزات إنتاج 70-80٪، 50٪، وبقاء الخلية 20-30٪ في المختبر (التين. 3A وباء، 4A وباء). تركيزات مختلفة من المواد الكيميائية يمكن أن تحفز رد فعل مهيجة من شدة متفاوتة. الآثار الضارة، بما في ذلك تهيج من المواد الكيميائية تعبر عن علاقة الاستجابة للجرعة [11-13]. ومع ذلك، اقترحت تغييرات مماثلة في متقرن البروتينات المرتبطة ظرف التعبير من خلال نفس المادة الكيميائية حتى في التركيزات المختلفة التي ميكا-nism من التهاب HQ وSLS قد تختلف عن تلك التي كتبها RA. وبوساطة آثار RA بواسطة المستقبلات النووية RA (RARS) وريتينويد X مستقبلات (RXRS). كما لوحظ في البيانات ميكروأري لدينا والتي أظهرت زيادة أكثر من 2 أضعاف من واحد RAR، تم زيادة التعبير عن RAR-التركيز بشكل تابع عن طريق العلاج RA فقط في التجارب المختبرية والحية (الشكل S1A وباء، على التوالي)، مما يشير إلى الدور المحتمل للRAR واحد في تهيج الجلد الناجم عن RA